1、企业佐证材料不清晰
如大型公司研发项目多、财务资料100多页、知识产权多、研发项目过程佐证材料多、销售合同多、检测报告多，为了满足可上传文件的大小限制过分压缩，难以看清。
2、科技成果转化佐证材料过于简单
只有产品发票、图片、合同，缺乏知识产权证书、检测报告等；不同成果转化、不同高新技术产品（服务）收入的证明材料附同一份销售合同、发票。
3、成果转化不清晰
在高新申报的整套材料中，最容易出现问题的部分是成果转化，很多企业没有办法做到技术成果与产品（服务）一一对应，那么该如何制作成果转化呢。
举个例子
某企业成立2年，有1项I类知识产权，通过这1项知识产权，转化出10项产品，那么这个一对多的关系是否构成10项成果转化？
答案：不能。
根据国科发火[2016]195号《高新技术企业认定管理工作指引》中明确指出同一科技成果分别在国内外转化的，或转化为多个产品、服务、工艺、样品、样机等的，只计为一项。
再举个例子
某企业成立2年，有10项知识产权，通过这10项知识产权，转化成1类产品，那么这个多对一的关系是否构成10项成果转化？
答案：可以。
10项知识产权相对应的就是企业的10项科技成果。
在此大家可以熟记：成果转化中一对多算一项，多对一算多项。
4、研发组织管理制度漏洞百出
如制度中出现了研发成果、员工奖励归属于外省或外市某个公司，明显属于通过百度抄袭；制度写明了有具体金额的奖励激励，但没有发奖金、汇款或现金签收的凭证；产学研合作在3年来对多项技术进行研究，但是企业的研究开发活动中仍全部是自主研发。
5、会计师/税务师事务所佐证资料不全
会计师（税务师）事务所的资质证明中，只有文字的说明，没有附上30以上的注册会计师的佐证和20人以上月平均人数的佐证；月平均人数的佐证只有最近1个月的，无法体现平均人数达标；放了多个月的人数佐证的平均数和事务所描述的人数平均数不符；部分注册会计师的执业单位不在该事务所又没有转所证明。
6、专利权归属问题
第一种情况
企业没有自主知识产权，需要以受让、受赠、并购等方式，获得对主要产品（服务）在技术上发挥核心支持作用的知识产权的所有权，注意：已取消以五年独占许可的形式获得知识产权；
第二种情况
专利权人除本企业外另有其他企业或个人，需要其他专利权人出具知识产权使用说明，阐明不会在本次高新申报中使用此项知识产权；
第三种情况
企业的知识产权没有下证书，如果已经获得授权通知书并可以提供缴费证明，那么也是可以使用的。
高新技术企业认定申报材料
企业应该建立逐级审核制度，对提交的申报材料按照统一标准进行检查才能送出，不应由一位经办人员包办的“免检产品”。
而且，上报材料前企业内部不同部门人员应对申报书进行交叉检查、交叉审核，力求做到准确、客观，既避免了纰漏也防止“过度包装”。
为了尽可能减少错误，建议企业明确提交前的检查事项清单，逐一开展对照检查。
事实上，高企认定失败的“坑”还有很多，需要企业做好战略规划和充分准备，如果说成功秘诀，那就是提前按照专业机构的专业指导从人力、内部协调、经费、产品设计、服务构建、知识产权、成果转化等多个方面做好申报准备，并且随时根据情况调整策略和方向